Вчені з NVIDIA і Гарварда зробили величезний прорив в генетичних дослідженнях. Вони розробили набір інструментів для глибокого навчання, який може значно скоротити час і витрати, необхідні для проведення окремих експериментів і експериментів з одним осередком. Згідно з дослідженням, опублікованим в Nature Communications, інструментарій AtacWorks може виконувати логічний висновок для всього геному, процес, який зазвичай займає трохи понад два дні, всього за півгодини. Це можливо завдяки графічним процесорам NVIDIA Tensor Core.
AtacWorks працює з ATAC-seq, добре зарекомендованим методом, призначеним для пошуку відкритих ділянок в геномі здорових і хворих клітин. Ці «відкриті ділянки» є частинами ДНК людини, які використовуються для визначення і активації певних функцій (наприклад, клітин печінки, крові або шкіри). Це частина геному людини, яка може дати вченим вказівки на те, чи є у людини хвороба Альцгеймера, серця або рак.
ATAC-sec зазвичай вимагає аналізу десятків тисяч осередків, але AtacWorks може отримати ті ж результати, використовуючи тільки десятки осередків. Дослідники також застосували AtacWorks до набору даних про стовбурові клітини, які виробляють червоні і білі кров’яні тільця – підтипи, які зазвичай неможливо вивчити за допомогою традиційних методів. Але за допомогою AtacWorks вони змогли ідентифікувати окремі частини ДНК, пов’язані з лейкоцитами і еритроцитами відповідно.
Теж цікаво:
Можливість швидше і дешевше аналізувати геном має велике значення для виявлення конкретних мутацій або біомаркерів, які можуть привести до певних захворювань. Це може навіть допомогти у відкритті ліків, допомагаючи дослідникам з’ясувати, як працює хвороба.
«З дуже рідкісними типами клітин неможливо вивчити відмінності в їх ДНК за допомогою існуючих методів», – сказав дослідник NVIDIA і провідний автор статті Авантіка Лал. «AtacWorks може допомогти не тільки знизити витрати на збір даних про доступність хроматину, але і відкрити нові можливості у відкритті та діагностиці ліків».
Читайте також:
Leave a Reply